Tout comme pour l'alimentation en eau potable, la Guyane accuse un retard de développement des structures de traitement des eaux usées. Les méthodes d'assainissement prennent trois formes :
- L'assainissement collectif avec des stations d'épuration publiques, d'envergure moyenne. Les plus grosses sont celles de Cayenne (60 000 EH), Kourou (30 000 EH), et Saint-Laurent du Maroni (en projet) ;
- L'assainissement non collectif par des dispositifs « regroupés » de traitement des eaux usées. Les capacités sont très variables, de 15 à plus de 1 000 EH). Cela concerne principalement Cayenne et sa proche agglomération : Rémire-Montjoly et Matoury, ainsi que les collèges et lycées sur tout le territoire ;
- L'assainissement individuel, par des dispositifs de type fosse septique, voire une absence de dispositif d'épuration. Cela concerne à la fois les zones urbaines et les villages de l'intérieur. Les habitants des petits villages amérindiens du Maroni et de l'Oyapock utilisent traditionnellement le fleuve.
Le ministère en charge de l’environnement a mis en ligne deux portails d’information sur l’assainissement :
- Assainissement communal : http://assainissement.developpement-durable.gouv.fr/
- Assainissement non collectif : http://www.assainissement-non-collectif.developpement-durable.gouv.fr/